Chương trình cải cách hành chính giai đoạn 2001 - 2010 gồm có 4 nội dung: cải cách thể chế (trước đây gọi là cải cách thủ tục), cải cách tổ chức, đổi mới cán bộ, cải cách tài chính công. Trong thực hiện, Chính phủ thường nhấn mạnh ưu tiên cải cách thủ tục hành chính, còn bộ máy tổ chức được đổi mới tùy theo từng nhiệm kỳ, quản lý cán bộ đổi mới từng bước và cải cách tài chính công thì thực hiện kết hợp cùng với cải cách kinh tế.

Việc nhấn mạnh ưu tiên cải cách thủ tục hành chính là hoàn toàn đúng đắn và cần thiết. Ai cũng thấy cách làm việc của các cơ quan nhà nước còn rườm rà, phiền toái, gây tốn kém thời gian và tiền của của Nhà nước, nhân dân và doanh nghiệp. Song chỉ nhấn mạnh cải cách thủ tục lúc này là chưa đủ. Vì thực ra, vấn đề sửa đổi thủ tục đã được chọn làm ưu tiên gần 15 năm nay, từ khi nêu ra và thực hiện chủ trương giảm bớt "giấy phép hành nghề" nửa đầu thập kỷ 90, song đến nay công việc này vẫn còn dang dở. Trong các lý do dẫn đến tình hình trên, có vấn đề chưa tìm hiểu rõ thực chất, trọng tâm của cải cách hành chính ở nước ta là gì để không chỉ dừng lại ở bề nổi.

Trước những năm 2000, nội dung cải cách hành chính chỉ bao gồm cải cách thủ tục, tổ chức và cán bộ, đến khi bắt đầu chương trình cải cách hành chính giai đoạn 2001 - 2010 thì đã đổi cải cách thủ tục thành cải cách thể chế và bổ sung thêm cải cách tài chính công. Việc đặt cải cách thể chế lên hàng đầu cũng đã nói lên trọng tâm của cải cách, song trong tiến trình thực hiện đã chưa làm nổi lên được ý tưởng nhấn mạnh đó. Thực tế hơn mười năm qua cũng cho thấy song song với cải cách thủ tục, cần đồng thời đi sâu vào thực chất của công tác hành chính của nước ta và tiến hành cải cách cả gốc và ngọn cùng một lúc thì mới có thể đạt được kết quả thiết thực và kịp thời đáp ứng yêu cầu bức xúc của phát triển và đổi mới nói chung.

Có thể khẳng định cải cách thể chế (hành chính) là nội dung cốt lõi và thực chất của cải cách hành chính của nước ta hiện nay. Thể chế nói chung bao gồm có các quy định chung và các tổ chức để thực hiện các quy định đó. Thể chế hành chính nói riêng được hiểu là một hệ những quy tắc, quy chế ràng buộc các quan hệ giữa cơ cấu hành chính nhà nước với các cơ cấu xã hội khác (tổ chức chính trị xã hội, tổ chức kinh tế, nhân dân rộng rãi), kể cả quan hệ trong nội bộ cơ cấu hành chính và các hình thức tổ chức được thiết lập (các thiết chế) để thực thi những quy chế, quy tắc trên, thực hiện quản lý nền hành chính nhà nước. Như vậy, cải cách thể chế hành chính có nghĩa là điều chỉnh mối quan hệ giữa cơ cấu hành chính với các cơ cấu xã hội khác và đồng thời điều chỉnh tổ chức bộ máy hành chính để thích ứng với những yêu cầu của tình hình mới. Nội dung cụ thể của cải cách thể chế hành chính bao gồm từ điều chỉnh chức năng hệ thống hành chính, đổi mới cơ cấu hệ thống hành chính (phân công, phân cấp), đến đổi mới cơ chế, phương thức hoạt động của hệ thống hành chính (trực tiếp, gián tiếp, quy trình, quy phạm, v.v.). Rõ ràng, đây là nội dung chủ yếu của cải cách hành chính. Nếu giải quyết tốt khâu cải cách thể chế thì những nhiệm vụ cải tiến bộ máy, nâng cao trình độ đội ngũ cán bộ, viên chức, lành mạnh hóa tài chính công ... chắc chắn sẽ tiến hành thuận lợi. Ngược lại, nếu không có cải cách thể chế thì những thay đổi về bộ máy, nhân sự, tài chính cũng không có cơ sở để thực hiện.

Có thể khẳng định cải cách thể chế (hành chính) là nội dung cốt lõi và thực chất của cải cách hành chính của nước ta hiện nay. Cải cách thể chế hành chính có nghĩa là điều chỉnh mối quan hệ giữa cơ cấu hành chính với các cơ cấu xã hội khác và đồng thời điều chỉnh tổ chức bộ máy hành chính để thích ứng với những yêu cầu của tình hình mới.

Mặt khác, thể chế hành chính phụ thuộc trực tiếp vào thể chế chính trị và có quan hệ hữu cơ với các thể chế kinh tế, pháp lý, văn hóa, xã hội, cho nên cải cách thể chế hành chính cũng nằm trong lĩnh vực cải cách thể chế nói chung, phải tương hợp (nếu không nói là đi sớm hơn một bước) với các cuộc cải cách thể chế kinh tế, tài chính, tiền tệ, tư pháp..., và chuẩn bị đón trước những bước đổi mới về thể chế chính trị.

Chúng ta chuyển đổi từ thể chế kinh tế kế hoạch sang kinh tế thị trường mà không thay đổi chế độ xã hội, giữ vững định hướng xã hội chủ nghĩa. Đồng thời, chúng ta chủ trương phát triển nhanh và bền vững trong điều kiện không có một mô hình có sẵn để tham khảo. Những tình hình đó càng thôi thúc phải hoàn thành cuộc cải cách thể chế hành chính một cách khẩn trương, kịp thời và hoàn chỉnh.